La escultura en madera policromada ha sido un componente esencial de la imaginería religiosa que hallamos en prácticamente todas las iglesias de la América Latina colonial desde el siglo xvi. La obra más antigua –y la más importante– de escultura colonial que alberga la colección es un gran retablo de madera policromada realizado en alto relieve de Santiago Matamoros (década de 1590). Producida, supuestamente, en la zona de Ciudad de México, esta excepcional obra escultórica conserva el marco original de madera policromada, decorado con un entrelazado manierista de corte arquitectónico.

También figuran en la colección hermosos ejemplos de esculturas de marfil indo-portuguesas e hispano-filipinas del siglo xvii. Producidas en Goa para los mercados portugués y español, encontramos una imagen de El Niño Jesús como el Buen Pastor que incluye, en la parte inferior, una figura yacente de María Magdalena leyendo las escrituras en una gruta. Entre los marfiles de procedencia hispano-filipina, producidos bien en la China continental o bien en Filipinas por escultores chinos con destino a los mercados español y americano, se incluyen figuras como Virgen con Niño, Virgen arrodillada, y San José y el Niño Jesús, de las que tan sólo estas últimas conservan su decoración polícroma original.

Las obras procedentes de Sudamérica contienen una sección de sillerías de coro que datan de alrededor de 1674 y provienen del Monasterio de San Francisco, en Lima (Perú). La decoración de estas sillerías de coro, talladas con profusión, incluye imágenes de los santos franciscanos San Daniel Mártir, San Jaime de la Marca, y Luis de Toulouse, junto con cabezas de querubines, cariátides y máscaras grotescas. De la afamada Escuela Quiteña, en Ecuador, son varias excepcionales esculturas de madera policromada del siglo xviii: una Virgen de Quito (1700-1725), con labor de policromía de primorosa factura; una gran figura de El Arcángel San Miguel (1700-1750), uno de los santos más populares de toda Latinoamérica; y un grupo de cuatro esculturas alegóricas únicas que representan las postrimerías del hombre y datan de la segunda mitad del siglo xviii, las cuales se atribuyen a Manuel Chili, también conocido como Caspicara.