La colección de pinturas de la Hispanic Society incluye obras maestras de algunos de los artistas más excepcionales que trabajaron en Latinoamérica entre los siglos xvii y xix. La primera obra fechable es San Sebastián (hacia 1605), del pintor manierista andaluz Alonso Vázquez, que llegó a México en 1603 en calidad de pintor oficial del recién nombrado virrey, Juan de Mendoza y Luna, Tercer Marqués de Montesclaros. Es casi seguro que Vázquez pintó su San Sebastián en Ciudad de México, si nos basamos en las similitudes que presenta su composición con el malogrado San Sebastián de Baltasar de Echave Orio, destruido en 1967 en un incendio que asoló la Catedral de Ciudad de México. Pese al poco tiempo que pasó en Nueva España, Vázquez ejerció una considerable influencia en los artistas mexicanos hasta mediados del siglo xvii. Otra importante obra de principios del siglo xvii que forma parte de la colección es una pintura peruana anónima realizada sobre cobre, por las dos caras, y pensada para ser exhibida en las procesiones religiosas. Inusual superviviente de este tipo de trabajo, muestra a La Virgen de la Inmaculada Concepción por un lado, y La Natividad por el otro, todo ello enmarcado en una estructura de metal dorado en forma de sol radiante, sobre un mango de hierro, para montar sobre una larga vara de madera.

La pintura mexicana de mediados del siglo xvii se encuentra bien representada por dos artistas que también emigraron desde España: el fraile dominico Alonso López de Herrera, que probablemente llegara a México en 1608 con el recién designado Arzobispo dominico de México, Fray García Guerra; y Sebastián López de Arteaga, que arribó en 1640 con el séquito del nuevo Virrey de Nueva España, Diego López de Pacheco, Marqués de Villena. El luminoso óleo sobre cobre La Virgen de la Inmaculada Concepción (1640), firmado y datado por Fray López de Herrera, presenta todos los rasgos de su estilo, con su meticulosa pincelada y sus precisos detalles. López de Arteaga, considerado por Manuel Toussaint como uno de los dos grandes pintores coloniales de México, está representado en la colección por la recién descubierta obra maestra firmada San Miguel derribando a los ángeles rebeldes (hacia 1650). Este monumental óleo sobre cobre está basado en un grabado de 1621 realizado por Lucas Emil Vorsterman inspirándose en la pintura del mismo nombre de Sir Peter Paul Rubens, San Miguel derribando a los ángeles rebeldes, hoy lamentablemente perdida.

Durante la segunda mitad del siglo xvii, los artistas de Nueva España desarrollaron una técnica de pintura única conocida como «enconchado», en la que a las pinturas se les añadían incrustaciones de madreperla, tomando en gran medida como inspiración los lacados Nanban japoneses. La Hispanic Society posee una de las pinturas en enconchado más soberbias que se conservan, Las Bodas de Caná (1693), de Nicolás Correa, en la que el artista aprovechó la madreperla en todo su potencial. A diferencia de otros artistas del enconchado, que empleaban indiscriminadamente pedazos relativamente grandes de nácar, Correa combinaba fragmentos de distinto tamaño y color para que hicieran juego con la composición y así lograr un efecto luminoso y genial. De la Sudamérica de finales del siglo xvii, hay también un bello ejemplo del trabajo de un pintor boliviano sumamente personal llamado Melchor Pérez Holguín, San Pedro de Alcántara y Santa Teresa de Ávila (hacia 1700), que es típico de los comienzos de su carrera.

Testimonio de la mezcla de culturas existente en la América Latina colonial es la pintura de castas –o combinaciones raciales– que posee la Hispanic Society, la cual fue pintada en torno a 1720 por el artista mexicano Juan Rodríguez Juárez. Esta obra, típica del género de la pintura de castas, muestra a una pareja de raza mixta y a su hijo, y a todos se los identifica con una inscripción que reza: «De Mestizo y de India produce coyote». Si bien podemos sentirnos tentados de ver estas pinturas como una descripción realista de una sociedad colonial mexicana extremadamente ordenada, lo cierto es que las mezclas étnicas y raciales tenían implicaciones sociales mucho más complejas.

Representativa de la sudamericana Escuela Cuzqueña de mediados del siglo xviii es una pareja de pinturas que retratan escenas de la vida de Jesucristo, La huida a Egipto y La presentación, ambas en recargados marcos dorados, cada uno de ellos con más de mil relucientes fragmentos de concha incrustados. La Hispanic Society posee un grupo de pequeñas pinturas al óleo sobre cobre procedentes de la segunda mitad del siglo xviii y denominadas escudos de monja. Por lo general enmarcados en carey y lucidos sobre el hábito, los escudos de monja fueron exclusivos de las monjas de Nueva España pertenecientes a las órdenes de San Jerónimo y la Inmaculada Concepción. Con frecuencia encargados por las propias monjas a algunos de los más destacados artistas de su tiempo, el Escudo de Monja (hacia 1760-1780) de José de Páez constituye un ejemplo perfecto de este género.

Entre las pinturas de finales del siglo xviii, se incluye un excepcional mapa de Ciudad de México y una obra maestra recién descubierta del principal artista de Puerto Rico en la época colonial. El mapa de Ciudad de México elaborado en 1778 por el arquitecto y agrimensor Ignacio Castera, Plano Ignográfico de la Nobilissima Ciudad de México, era el más preciso creado hasta la fecha de la capital del virreinato. A lo largo de dos décadas, Castera elaboró más de una docena de mapas manuscritos distintos de la Ciudad de México, pero el que pintara Anselmo López en 1778 es el más rico en detalles y el más bonito desde una perspectiva puramente visual. El mapa de Castera incluye vistas de los confines del palacio virreinal, la renovada Alameda y sus nuevas fuentes, el Paseo Nuevo (hoy en día Avenida Bucareli), y la Catedral y el Sagrario Metropolitano, con Castera en primer término haciendo un boceto. El excepcional retrato realizado por José Campeche y Jordán de Doña María Catalina de Urrutia, pintado en 1788 en San Juan, Puerto Rico, es uno de los más logrados de este aclamado artista caribeño. María Catalina de Urrutia, hija del alcalde de La Habana y esposa del gobernador de Puerto Rico, aparece retratada vistiendo la última moda parisiense en el interior, de estilo rococó, del palacio del gobernador. Campeche recibió su educación formal en Puerto Rico de uno de los artistas más importantes de España, José Paret y Alcázar, maestro pintor del estilo Rococó francés.

Entre las pinturas latinoamericanas del siglo xix propiedad de la Hispanic Society, la más icónica es, sin lugar a dudas, El Costeño (hacia 1843), de José Agustín Arrieta, uno de los artistas más populares de la época en México. Un joven de ascendencia africana, procedente de la costa del Golfo de México, aparece retratado a tamaño natural en un plano de tres cuartos mientras sostiene una cesta llena de fruta tropical típica mexicana, como si estuviera llevándola a la mesa de su patrón. La suculenta estampa de la fruta, que incluye un mamey abierto a la mitad en un estallido de rojo anaranjado, contrasta con el sencillo, pero digno atuendo del joven, que posa sobre un fondo neutro. Principal autor de pinturas de género del siglo xix en México, Arrieta es célebre por sus escenas de la vida cotidiana en su ciudad adoptiva de Puebla, así como por sus suntuosas composiciones de naturalezas muertas. Su obra ofrece importantes paralelismos con pintores de género de esa época procedentes de  Estados Unidos, tales como William Sidney Mount y George Caleb Bingham.