La Galería de Arte Colonial Español presenta una selección de obras latinoamericanas de los siglos xvii y xviii. Entre las pinturas que se muestran se incluyen la Virgen de la Inmaculada Concepción (México, 1640), del fraile dominico Alonso López de Herrera; y Las bodas de Caná (México, 1693), de Nicolás Correa, realizada con la técnica del «enconchado», una forma de arte virreinal exclusiva de México que combina fragmentos de madreperla con pintura al óleo. Una pintura de castas mexicana fechada en torno a 1720 y realizada por Juan Rodríguez Juárez nos permite asomarnos a la compleja estructura racial de la América Latina virreinal, en la que un hombre, una mujer indígena y su hijo se identifican con la inscripción «de Mestizo y de India produce coyote». También se muestran escudos de monja mexicanos del siglo xviii de José de Páez y Manuel de la Serna. Los escudos de monja, una forma de arte exclusiva de México, son pinturas ovaladas o redondas, hechas en cobre, que presentan imágenes devocionales de especial trascendencia para cada monja, y que lucían sobre el hábito las monjas concepcionistas y jerónimas, integrantes de las órdenes de la Inmaculada Concepción y San Jerónimo, respectivamente.

Entre las obras originarias de Sudamérica se incluye una pareja de pinturas del siglo xviii procedentes de la Escuela Cuzqueña que retratan escenas de la vida de Jesucristo, La huida a Egipto y La presentación, ambas en marcos dorados con decoración a juego, cada uno de ellos con más de mil fragmentos relucientes de concha incrustada. De Bolivia proviene el cuadro San Pedro de Alcántara y Santa Teresa de Ávila (hacia 1700), de Melchor Pérez Holguín, uno de los artistas más prolíficos y personales del periodo colonial. En una combinación de elementos tanto decorativos como escultóricos, encontramos una sección de sillerías de coro peruanas (hacia 1675) procedentes del Monasterio de San Francisco, en Lima. Talladas en madera de cedro español (cedrela) y caoba, las tres piezas incorporan esculturas de santos, querubines, cariátides y máscaras grotescas. Asimismo, se exhibe un arcón filipino del siglo xvii hecho de madera de narra profusamente tallada en alto relieve con diseños foliados y florales, combinados con aves y leones.